Programın pdf versiyonu için TIKLAYIN

9 Eylül

 

8:30–10:00 Merhaba / Tanışma / Program ve Proje tanıtımları

10.00-10.15 Ara

10:15–12:00   Molekuler populasyon genetigi – Mehmet Somel

12:00–13:00 Oglen yemegi

13:00–14:00 Ara (Köy işlerine yardım)

14:00–15:45 Populasyon genetigi ve turlesme – Aysegul Birand

15:45-16:00 Ara

16:00-17:45 Mikro-evrim ve evrimsel ekoloji modelleri – Erol Akcay

18:00–20:00 Tartisma gruplari

20:00-21.00 Aksam yemegi (Tartışma grupları birlikte)

 

10 Eylül

 

8:15–10:00 Soyolus agaclari — Rasit Bilgin

10.00-10.15 Ara

10:15–12:00   Evrimsel Demografi – Arpat Ozgul

12:00-13:00 Oglen yemegi

13:00–14:00 Ara (Köy işlerine yardım)

14:00–15:45 Birlesme (coalescence) modelleri ve filocoğrafya – Ismail Saglam

15:45-16:15 Ara

16:15-19:15 Proje gruplari

20:00-21.00 Aksam yemegi

 

11 Eylül

 

8:15–10:00 Fizik yasalarindan DNA evrimine – Murat Tugrul

10.00-10.15 Ara

10:15-12:00 Biyoloji ve evrimde ag yapilari – Ayse Erzan

12:00-13:00 Oglen yemegi

13:00–14:00 Ara (Köy işlerine yardım)

14:00-15:45 Evrimsel biyolojide deney-kuram iliskisi (ya da Kuram Kuram nereye kadar!) – Betul Kacar

15:45-16:15 Ara

16:15-19:00 Proje gruplari

19:00-19:15 Ara

19:15-20:00 Toplu tartisma (Proje grupları kısa sözlü sunumları)

20:00-21.00 Aksam yemegi

Okuma ve calisma gruplari

 

1)  Sosyal evrim ve demografi (Erol  Akcay + Arpat Ozgul) Okumalar internette

 

Hamilton 1964

Taylor and Frank 1996

Johnstone 2008

Lehmann &Rousset 2010

 

2)  Termodinamik ve evrim (Ayse Erzan)

Okumalar internette

 

Zurek W H  1989 Thermodynamic cost of computation, algorithmic complexity and the information metric; Nature 341, 119 – 124

Andrieux D, Gaspard P 2008 Nonequilibrium generation of information in copolymerization process; Proc. Natl. Acad. Sci. 105 9516-9521

Jarzynski C 2008 Thermodynamics of writing a random polymer ; Proc. Natl. Acad. Sci. 105 9451-9452

Ek okumalar – meraklılarına ihtiyari:

Turing AM 1936 On computable numbers, with an application to the Entscheidungsproblem; Prof. Lond. Math. Soc. 42 230-265

Shannon, C.E. (1948), A Mathematical Theory of Communication; Bell System Technical Journal 27 379–423 and 623–656

 

3)  Filogenetik yontemler ve uygulamalari (Rasit Bilgin)

Okuma internette

 

MEGA programini yuklemeleri gerekiyor http://www.megasoftware.net

“ogrenciler clustalx programini isletim sistemlerine gore su linkten yuklerlerse iyi olur (http://www.clustal.org/download/current/) “

 

4)  Evrimsel transkriptom analizi (Mehmet Somel)

Okumalar internette

 

Bu grupta turler arasinda transkriptom farklarinin analizini ve transkriptom evrimi modellerini R kullanarak inceleyecegiz. R programinin indirilip yuklenmesi gerekiyor: (http://cran.r-project.org/). Ayrica asagidaki adimlari takip ederek “OUCH” ve “GEIGER” paketlerini de eklenmeli:

 

– R programini acin.

– su komutu kopyalayip yapistirin:

install.packages(“geiger”)

size bir ulke listesi soracaktir, TR varsa secin, yoksa farketmez.

– bir de su komutu kopyalayip yapistirin:

install.packages(“ouch”)

– R’i kapatin:

q()

 

5)  Turlesme modelleri (Aysegul Birand)

Okumalar internette